固體發酵法是以玉米等農作物秸稈為主要原料，其投資少，工藝簡單，產品價格低廉，目前國內絕大部分纖維素生產廠家均采用該技術生產纖維素酶。然而固體發酵法存在根本上的缺陷，以秸稈為原料的固體發酵法生產的纖維素酶很難提取、精制。目前，我國纖維素酶生產廠家只能采用直接干燥法粉碎得到固體酶制劑或用水浸泡后壓濾得到液體酶制劑，其產品外觀粗糙且質量不穩定，發酵水平不穩定，生產效率較低，易污染雜菌，不適于大規模生產。

液體發酵生產工藝過程是將玉米秸稈粉碎至20目以下進行滅菌處理，然后送發酵釜內發酵，同時加入纖維素酶菌種，發酵時間約為70h，溫度低于60℃。采用除菌后的無菌空氣從釜低通入進行通氣攪拌，發酵完畢后的物料經壓濾機板框過濾、超濾濃縮和噴霧干燥后制得纖維素酶產品。液態深層發酵由于具有培養條件容易控制，不易染雜菌，生產效率高等優點，已成為國內外重要的研究和開發方向。