米曲霉能夠強烈分解蛋白質、纖維素、半纖維素、木質素等，并將嗜熱、耐熱細菌、真菌、酵母菌菌株及相關分解酶復合而成，其有效活菌數含量高，降解能力強，同時能夠達到升溫、除臭、消除病蟲害、雜草種子和提高養分的效果。在適宜的條件下，能迅速將堆料中的碳、氮、磷、鉀、硫等分解礦化，形成簡單有機物，從而進一步分解為作物可吸收的營養成分。

用米曲霉發酵的肥料具有以下好處：

1. 使秸稈中所含的有機質及磷、鉀等元素成為植物生長所需的營養，并產生大量有益微生物，刺激作物生產，提高土壤有機質，改善土壤結構；

2. 補充土壤中有益微生物數量，進一步促進土壤中物質和能量轉化，腐殖質的形成和分解，提高肥料利用率。

3. 產生有益代謝物，抑制和殺死有害菌。